Die etagenartig übereinander liegenden Grotten und Höhlenteile entstanden im Laufe von Jahrtausenden: Wasser löste unterirdische Hohlräume aus dem Kalkstein des Juras. Abhängig vom Wasserspiegel der damaligen Altmühl-Donau entstanden so die teilweise in Verbindung stehenden Höhlensysteme.
Höhlen sind lichtarm und haben eine konstante Temperatur von ca. 8°C. Sie sind ein Lebensraum mit extremen, aber verlässlichen Verhältnissen. Ihren Bewohnern bieten sie Schutz vor Regen, Wind, Frost und Hitze. Auch die Klausenhöhlen sind ein wertvoller Lebensraum für zum Teil geschützte Tiere und Pflanzen.
