Das ehemalige Benediktinerinnenkloster wurde 870 gegründet. Im Jahr 893 bekam Monheim Reliquien der heiligen Walburga. Bald darauf wurde Monheim zu einem der bedeutendsten Wallfahrtsorte in Europa.
Um die Klostergründung entstand auf dem Platz der heutigen Stadtpfarrkirche eine Klosterkirche, die zunächst St. Salvator zum Patron hatte. Der gewaltige Pilgerstrom hat sicher den Neubau einer Kirche veranlasst, die im Jahr 1061 der heiligen Walburga geweiht wurde.
Der jetzige Bau stammt aus spätgotischer Zeit, das Nordportal der Kirche weist die Jahreszahl 1509 auf. Die Innenausstattung ist jedoch barocken Stils. 1596 wurde das Gewölbe in seiner heutigen Form eingezogen.
Durch den portestantischen Landesherrn (Monheim gehörte seit 1506 zum neuen Fürstentum Pfalz-Neuburg) wurde das Kloster aufgelöst. Die Wallfahrt erlosch. Reste des Klosters sind im heutigen Haus St. Walburg und im Kreuzgang noch vorhanden. Der Kirchturm wurde 1575 fertiggestellt.
Die Walburgakapelle ist in der kirche unter einem spätgotischen Netzrippengewölbe aus dem 16. Jahrhundert zu bewundern. Der Altar der Kapelle birgt einen kostbaren Schatz: Die 65 cm hohe Statuette der Heiligen Walburga, die gegen 1700 vom Augsburger Goldschmied Michael Hueter aus Silberblech getrieben wurde. Davor ein weiteres Reliquiar mit einer damals von Eichstätt nach Monheim überführten Walburgisreliquie.
