Das Jura-Museum Eichstätt auf der Willibaldsburg hoch über dem Altmühltal ist eines der schönst gelegenen Naturkundemuseen in Deutschland. Der Schwerpunkt der Ausstellung liegt auf den Fossilien der Solnhofener Plattenkalke, die durch die intensive Steinbruchtätigkeit in der Region zutage gefördert werden und eine Fossilfundstelle von weltweiter Bedeutung ist. Das Museum zeigt und erforscht die große Vielfalt an Lebewesen, die es am und im tropischen Meer der Jurazeit vor rund 150 Millionen Jahren gab. Außergewöhnliche Besonderheiten wie das Original des Eichstätter Exemplars von Archaeopteryx und Juravenator, der besterhaltene Raubsaurier Deutschlands, aber auch fossile Flugsaurier, Fischsaurier, Krebse, Pfeilschwanzkrebse, Haie, Fische und viele mehr eröffnen ein Fenster in eine Vergangenheit, in der die Region ganz anders aussah. Von dieser Zeit aus, in der die Dinosaurier fliegen lernten, können Besucher viele Aspekte des Fliegens erkunden. Eine weitere Brücke zur Gegenwart schlägt der Aquarienraum mit seinen "lebenden Fossilien“ und dem größten lebenden Riff Bayerns.
Da, wo jetzt der Archaeopteryx thront, residierten über 370 Jahre die Fürstbischöfe von Eichstätt. Hier weht also nicht nur der Geist der Vergangenheit der Jurazeit, sondern auch der Renaissance. Die Führung erinnert an die glanzvollen Zeiten der Renaissance, das Elend des Dreißigjährigen Krieges und an das Zucht- und Arbeitshaus, das der Fürstbischoff im 18. Jahrhundert im Spitalhof errichten ließ.
Fürstbischof Johann Conrad von Gemmingen ließ 1597 Gartenterrassen und einen botanischen Garten auf der Willibaldsburg anlegen. Im Jahr 1600 beauftragte er den Botaniker und Apotheker Basilius Besler mit der Erstellung des Kupferstichwerks über den „Hortus Eystettensis“, das 1613 zum ersten Mal erschien. Nach der Zerstörung der ursprünglichen Anlage im Dreißigjährigen Krieg war das Buch der einzige Anhaltspunkt bei der Neugestaltung des Bastionsgartens nach dem historischen Vorbild.
